使用Docker工作流示例
更新时间:2024-09-25
基因分析平台支持Docker运行作业。
WDL支持Docker相关参数,如下表:
注意事项:
- Docker镜像目前支持百度CCR公有镜像
- 建议把自定义软件打包在Docker镜像中
示例WDL文件如下:
version 1.0
workflow myWorkflow {
call myTask
}
task myTask {
input {
String input_fasta
String output_fasta
}
command {
clustalo -i "${input_fasta}" -o "${output_fasta}"
}
runtime {
memory: "1 GB"
cpu: "1"
queue: "default_queue"
# docker镜像,目前仅支持内网或者公共镜像
docker: "registry.baidubce.com/kun-public/clustalomega:latest"
# 指定docker用户
docker_user: "root"
}
output {
String out = "${output_fasta}"
}
}