使用Docker工作流示例
更新时间：2024-09-25
基因分析平台支持Docker运行作业。
WDL支持Docker相关参数，如下表：
注意事项：
- Docker镜像目前支持百度CCR公有镜像
- 建议把自定义软件打包在Docker镜像中
示例WDL文件如下：
Plain Text
1version 1.0
2workflow myWorkflow {
3 call myTask
4}
5
6task myTask {
7 input {
8 String input_fasta
9 String output_fasta
10 }
11 command {
12 clustalo -i "${input_fasta}" -o "${output_fasta}"
13 }
14 runtime {
15 memory: "1 GB"
16 cpu: "1"
17 queue: "default_queue"
18 # docker镜像，目前仅支持内网或者公共镜像
19 docker: "registry.baidubce.com/kun-public/clustalomega:latest"
20 # 指定docker用户
21 docker_user: "root"
22 }
23 output {
24 String out = "${output_fasta}"
25 }
26}