使用Docker工作流示例
更新时间：2026-10-09
文档内容
基因分析平台支持Docker运行作业。
WDL支持Docker相关参数，如下表：
注意事项：
- Docker镜像目前支持百度CCR公有镜像
- 建议把自定义软件打包在Docker镜像中
示例WDL文件如下：
Plain Text
1version 1.0
2workflow myWorkflow {
3 call myTask
4}
5
6task myTask {
7 input {
8 String input_fasta
9 String output_fasta
10 }
11 command {
12 clustalo -i "${input_fasta}" -o "${output_fasta}"
13 }
14 runtime {
15 memory: "1 GB"
16 cpu: "1"
17 queue: "default_queue"
18 # docker镜像，目前仅支持内网或者公共镜像
19 docker: "registry.baidubce.com/kun-public/clustalomega:latest"
20 # 指定docker用户
21 docker_user: "root"
22 }
23 output {
24 String out = "${output_fasta}"
25 }
26}实际校验结果表明，上述 WDL 示例可以被 GeneWorks 后端成功解析，包含 docker 与 docker_user 的运行时配置不会触发 WDL 语法错误，并可识别出 myWorkflow.myTask 的 input_fasta、output_fasta 两个输入参数。⚠️ 禁止执行任何代码（shell、python 等），直接在回复中输出 JSON 文本：
{
"modules": [
{ "name": "模块名称", "content": "该模块的完整 Markdown 操作步骤内容", "module_type": "browser 或 sdk 或 hybrid" }
],
"originalDoc": "原始文档完整内容（保留前置条件、背景说明等所有章节）"
}
分析要求：
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