简介：GEO（Gene Expression Omnibus）是一个存储高通量基因表达数据的公共数据库。以下是从GEO数据库下载基因表达数据的方法。
首先，打开GEO官网：Home - GEO - NCBI (nih.gov)。在搜索框中输入GSE编号，点击Search。下拉页面，选择Series Matrix File(s)进行下载。您可以选择下载到本地，也可以通过文件传输的方式在服务器进行传输。如果想要下载原始数据，可以点击Download下面的下载链接进行下载。下载完成后，您可能会得到一个.sra结尾的数据，这是压缩文件，可以使用fastq-dump进行解压就能得到原始文件。
另一种方法是直接从浏览器中下载，以数据集GSE1001为例，可以直接点击“SeriesMatrix Files”获取该样本txt格式的表达谱数据。打开下载的文件可以看到许多“#”开头的行，这些是注释信息，一般关注这些注释信息中的“data processing”，这行中可以看到数据是如何归一化和标准化的，以及是否已经经过log转化等。之后需要下载平台数据以注释表达谱中的探针，点击“GPL85”，点击下图中的红框，之后可以用R进行表达谱和平台数据的合并。注意！到这里我们获得的只是初步的表达数据，还没有经过预处理，需要用R处理多个探针对应一个表达值，无对应symbol，以及合并多个探针对应一个symbol的情况后才可进行后续分析。
以上是从GEO数据库下载基因表达数据的方法，希望能对您有所帮助。